kafjord-churchDe første skriftlige kildene som nevner Alta er fra 1520, på et tidspunkt da området var felles skattland for Danmark-Norge, Russland og Sverige. Distriktet var bebodd av et par hundre sjøsamer som levde av naturen. I løpet av 1500-tallet oppstod en rekke konflikter mellom Danmark og Sverige om retten til å skattelegge laksefisket i området, og det ble anlagt en festning på Årøya i Altafjorden for å holde svenskene unna. I fredstider i 1613 ble det bestemt at Alta og nærliggende fjordområder skulle tilhøre Danmark-Norge. I løpet av de neste to århundrene hadde folketallet økt til nærmere 2.000, der omtrent halvparten var samer.

Det engelske firmaet Alten Copper Mines startet i 1826 gruvedrift i Kåfjord, og området fikk mye tilflytting både fra utlandet og gruvemiljøer lenger sør i Norge. I denne perioden var Kåfjord det mest folkerike distriktet i fylket, og det ble bygget både hotell, skoler, teater, vertshus og brakker. Kåfjord Kirke, som ble bygget på 1830-tallet, bærer tydelig preg av den engelske arkitekturen fra denne perioden. Samtidig begynte man med gårdsdrift i kombinasjon med gruvearbeidet, og de store dalførene i kommunen ble dermed dyrket opp. I århundreskiftet ble fisket dessuten stadig viktigere. Norsk fisk ble byttet mot korn fra Russland, og store deler av kystbefolkningen i Nord-Norge ble forsynt av dette frem til den russiske revolusjonen i 1917.

Under andre verdenskrig ble det tyske slagskipet Tirpitz forsøkt senket i Kåfjorden, noe som resulterte i at det måtte slepes til Tromsø, hvor det ble senket. Byen Alta ble brent ned i løpet av høsten 1944, og den eneste gjenværende bygningen er i dag Alta Kirke. Byens befolkning ble evakuert sørover, før de vendte tilbake våren 1945 for å bygge opp igjen husene sine. Mange hentet på ulovlig vis planker fra Alta flyplass som var bygd av tyskerne under krigen. Plankene var gjennomboret av hull slik at vannet på flystripa kunne dreneres bort. Disse hullene ble tettet med treplugger, og man kan den dag i dag se flere gamle hus som er bygget med disse karakteristiske plankene.